本病症主要的治疗方法是通过整形外科手术进行矫正。术后大多数患者可以恢复至（或接近）正常容貌，治疗内容包含耳廓畸形矫正以及并发症的处理。隐耳、杯状耳和其他非先天性小耳畸形病患，可以在早期通过非手术的干预性治疗来改善。
早期的非手术治疗办法
适用于隐耳、杯状耳以及其他非先天性小耳畸形病患。该类型的病患可以在出生后一个月左右开始佩戴耳廓矫正器。佩戴持续半年左右一般大多数病患都可以在耳廓形态上得到不错的改善，乃至于接近正常的耳廓状态，从而使受到非手术干预治疗者避免了手术治疗。
手术治疗办法
大部分招风耳、隐耳、杯状耳、先天性小耳畸形I型和部分II型病患，可以通过一次至两次的耳廓畸形矫正术，将耳软骨重新塑形，达到与正常形态接近的耳廓状态。第一次手术通常在病患1岁左右进行，术后接合耳廓矫正器，可以帮助耳部再次发育；第二次手术通常在6岁左右进行，因为在一般情况下，此时耳廓发育接近停止适合采取外科手段进行矫正塑形。
先天性小耳畸形病患，除上述的I型和部分II型外，均需要进行外耳再造术。手术一般在病患满6周岁且身高高于1.2米时进行，分为三期手术：
第一期：在病患耳后置入一个皮肤扩张器，将皮肤扩充以备在再造时使用。手术后医生需要定期注水在扩张器内使皮肤逐渐扩张。
第二期：按照实际手术需求，从病患自身取出对应数量的肋软骨，将软骨雕刻组合成耳廓的轮廓，放在置入扩张器的位置，大致塑造出耳廓的形态。
第三期：美化二期手术所塑造的耳廓雏形，在耳廓雏形上增加细微结构，使再造的耳廓形态更加生动逼真。
三期手术后大部分病患的再造耳廓可以达到或接近正常耳廓的状态。
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